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現代の日本におけるカトリック教会の葬儀では、「通夜」および「葬儀」という流れに沿って行われる。

通夜では聖書の朗読、聖歌、死者のための祈り、棺への献香と参加者による献花あるいは焼香、遺族代表のあいさつなどが行われる。通夜は教会で行われることが多いが、自宅で行われることもある。

葬儀は教会での葬儀ミサという形で行われることが多いが、状況に応じて自宅で行われる場合もある。また、参列者のほとんどがカトリック信徒でない場合などは参列者に配慮してミサに代えて「ことばの祭儀」という簡略な形での葬儀が行われる。

一般的な葬儀ミサと通常のミサとの違いは、会場が葬儀にふさわしく装飾されることと、聖書の朗読箇所・聖歌・祈り・説教の内容などが葬儀にあわせて選ばれるということである。ミサとあわせるかたちで続けて告別式と葬送が行われる。告別式では一般的な葬儀と同様に、故人の紹介、弔辞、弔電の紹介、焼香あるいは献花、遺族代表のあいさつなどが行われる。

ミサ以外の司式は司祭や助祭だけでなく信徒でも行うことが可能である。通夜および葬儀の時に用いる司祭（助祭）の祭服の色は通常は白であるが、特別な場合は紫や黒を用いることもある。

また、死後特定の日に集まって故人を弔う日本の習慣にあわせ、「命日祭」という名前で故人のためのミサや祈りの集いが行われることもある。